Nach der Einführung der Reformation hatten Basler Obrigkeit und Kirche im Rahmen der Synoden eng zusammengewirkt. Wie in Zürich, dienten die Synoden zur Sittenzucht und Behandlung konkreter Probleme in der Verwaltung der einzelnen Pfarreien. Seit 1532 wurden sie jedoch allmählich für die Geistlichen zu einer Gelegenheit, dem Magistrat ihre Anliegen vorzutragen, damit dieser sich mit ihnen befassen sollte. Im September desselben Jahres setzte der Rat einen Kirchenrat als Vorbereitungs- und Vollzugsorgan der Synode ein, bestehend aus den vier Häuptern (amtierender und vorheriger Bürgermeister, amtierender und vorheriger Oberzunftmeister), den Hauptpfarrern der Stadt, acht Ratsherren und vier Vertretern der Gemeinde. Bereits mit der Einsetzung des Kirchenrates, in dem auch die Deputaten, d.h. die für die Angelegenheiten bezüglich der Hochschule zuständigen Senatoren, saßen, wurden die Interessen von Stadtrat, Kirche und Universität als teilweise voneinander abhängig und damit als Gegenstand ständiger Aushandlungen strukturiert, allerdings vor dem Hintergrund einer zunehmenden Aufsichts- und Führungsrolle des Rates. Diese Entwicklung zeichnete sich im Verhältnis zur Basler Kirche vor allem seit 1534 ab, als die Laienmitglieder des Kirchenrates dauerhaft den Vorsitz der Synoden übernahmen. So waren die Synoden immer deutlicher nicht mehr durch ein Zusammenwirken gekennzeichnet, sondern dienten zunehmend der Auseinandersetzung: Die Basler Geistlichkeit beklagte sich einerseits über die mangelnde Förderung der Reformation durch den Stadtrat; dieser unterzog sich andererseits ungern den Beschwerden der Geistlichen und beabsichtige eine immer stärkere direkte administrative und finanzielle Aufsicht über sie.

Die vom Regenzausschuss im Sommer/Herbst 1538 entworfenen sechs Artikel zur Reform der Universität () wurden sogleich zu einem weiteren Anlass der Konfrontation zwischen Stadtrat und Kirche. Vor allem zwei Artikel erregten den Protest der Basler Prediger: die Unterordnung der Geistlichen unter die Universität und die Einführung des obligatorischen Doktorgrades für alle Lehrer an der Universität, also auch für Theologen. Die Artikel zielten formal darauf ab, das Basler Schulwesen – und insbesondere die Universität – effizienter und attraktiver zu gestalten, schlugen aber auch indirekt eine Neuformulierung des Verhältnisses zwischen Predigern und dem Basler Stadtrat zugunsten des letzteren vor. Wie auch Capito in seinem Brief an den Regenzausschuss vom 14. Oktober 1538 anmerkte, ging es um das Wesen der Basler Kirche und darum, wer über ihre Struktur und ihr Wirken entscheiden sollte: Mit der Unterstellung der Prediger unter die Universität und damit unter den Stadtrat beanspruchte jener genau diese Aufsichtsfunktion für sich. Trotz der Einwände der Basler Prediger und der Vermittlungsversuche durch die Straßburger Theologen wurden alle vom Regenzausschuss entworfenen Reformartikel im Wesentlichen in die 1539 erlassenen neuen Statuten der Universität aufgenommen.

Dass der einzige Theologe im Regenzausschuss Karlstadt war, hatte ihm den Zorn und die Beschimpfungen seiner Basler Kollegen und insbesondere des Myconius eingetragen. Am 19. September 1539, nach seiner Rückkehr von einer Badekur, informierte Myconius Bullinger über die Situation: Er habe nach dem Erlass der neuen Statuten Anpassungen gefordert, andernfalls gedroht, sein Amt aufzugeben. Über den aktuellen Sachstand sei er allerdings nicht sehr gut informiert, in seiner Abwesenheit habe sich Grynaeus darum gekümmert. Myconius betonte auch, dass ihm wichtiger sei, wie man Karlstadt entgegentreten könne, der von denen unterstützt werde, die es nicht ertragen könnten, für ihre Fehler vom Pfarrer gerügt zu werden; es gehe dabei nicht um eine persönliche Auseinandersetzung, sondern um das Überleben der Basler Kirche. Am darauffolgenden 1. Oktober kam es wohl zu einer Konfrontation beider Parteien vor dem Bürgermeister Adalbert Meyer. Einem Brief von Myconius, Bertschi und Grynaeus ist zu entnehmen, dass die Basler Amtsbrüder eine Stellungnahme abgegeben hatten, in der sie sich den von der Obrigkeit erlassenen Gesetzen (gemeint sind wohl die neuen Universitätsstatuten) unterwarfen; Karlstadt habe sie aber als Lügner angeklagt und vor der Obrigkeit beschimpft.

Es ist nicht auszuschließen, dass Myconius auch in diesem Fall Karlstadt für die Haltung des gesamten Regenzausschusses verantwortlich machte; derzeit liegen keine Quellen vor, die die Stellung der einzelnen am Streit beteiligten Protagonisten näher beschreiben könnten. Höchstwahrscheinlich aber diktierte die Konfrontation vom 1. Oktober den Ton des Briefes, den Myconius am 4. Oktober an Bullinger richtete und in dem er die Verhältnisse weitaus dramatischer schilderte als in seinem vorangegangenen Schreiben vom 19. September: Jede Hoffnung auf einen Kompromiss scheine verloren, die Diskussion über die Universitätsreform sei verworrener denn je, der Ruf nicht nur von Myconius, sondern auch der von Bertschi und Grynaeus in Gefahr, der Grund hierfür sei Karlstadt. Diesen beschreibt Myconius als Quelle allen Übels; er sei von denen benutzt worden, die die Stadtprediger unterdrücken und ihrer Freiheit berauben wollten; die Feinde der Reformation, die Wiedertäufer und die Papisten würden auf ihn hören. Auch wenn er immer sanft spreche und als Verteidiger des Schulwesens und des Evangeliums auftrete, sei Karlstadt – so klagt Myconius – der Grund dafür, dass Basler Theologen und Prediger verleumdet und nun für Aufrührer gehalten würden. Als am 25. Oktober Bullingers Antwort und die damit verbundenen unterstützenden Worte eintrafen, war die Auseinandersetzung zwischen Myconius und den anderen Basler Amtsbrüdern auf der einen und Karlstadt als Vertreter derjenigen, die die im Sommer beschlossenen Reformen durchsetzen wollten, auf der anderen Seite, bereits endgültig entschieden.

Am 7. Oktober, nach Anhörung beider Seiten vor den beiden Stadträten, den Vertretern der Universität – vermutlich der Regenz – und den Predigern, gab Bürgermeister Adalbert Meyer eine offizielle Erklärung ab, in der er alle aufforderte, die erlassenen Statuten zu akzeptieren. Myconius, Bertschi, der Barfüßer (vermutlich Johannes Lüthard) und der Diakon zu St. Theodor, Burkhart Rothpletz, wurden daraufhin vom Abhalten der als reguläre akademische Übungen vorgesehen Disputationen dispensiert, sollten aber den von anderen abgehaltenen Disputationen möglichst oft als Hörer beiwohnen. Der dritte Punkt ordnete ein Ende aller Streitigkeiten und Anschuldigungen nicht nur zwischen dem Stadtrat und den Predigern, sondern auch und vor allem zwischen letzteren an und versprach ein strenges Eingreifen im Falle des Ungehorsams. Der vierte Punkt sah vor, dass bei Meinungsverschiedenheiten (es wurden z.B. die Fragen der Bilder und der Doktortitel angesprochen) die theologische Fakultät auf der Grundlage der Heiligen Schrift zu entscheiden habe. Als fünfter Punkt wurden die vier Hauptpfarrer eingeladen, sich von nun an im Vorsitz über die wöchentlichen Pfarrkolloquien abzuwechseln, wie dies zur Zeit von Oekolampad üblich gewesen sei, damit nicht der Eindruck entstehe, dass einer höher als der andere sey. Auf das im sechsten Punkt angesprochene Begehren der Prediger betreffend Bannherren und Synode wollte der Stadtrat noch nicht antworten.

Der hier edierte, von Karlstadt verfasste Text ist auf den 8. Oktober datiert und diente aller Wahrscheinlichkeit nach als kurzes Protokoll einer Sitzung des akademischen Senates in Anwesenheit der Deputaten sowie der Basler Prediger und Diakone. Die letzten Worte der – vermutlich am Vortag – von Bürgermeister Adalbert Meyer gehaltenen Rede sind zu Beginn des Protokolls wiedergegeben. Es folgen sechs Punkte, die die am 7. Oktober formulierten Entscheidungen über das Verhältnis zwischen Basler Geistlichkeit und Universität zusammenfassen. Der erste Punkt segnet das Einverständnis zwischen Universität und Stadtpredigern ab – damit wurde möglicherweise deren Eingliederung in die theologische Fakultät und ihre Unterwerfung unter die Universitätsstatuten vollzogen. Der zweite Punkt erinnert daran, dass der Bürgermeister alle aufgefordert habe, Auseinandersetzungen zu vermeiden und einander mit Nächstenliebe zu begegnen; er drohte denjenigen, die sich nicht an dieses Gebot hielten, schwere Strafen an. Im darauffolgenden Punkt heißt es dann, man solle dogmatische Streitigkeiten friedlich beilegen und, wenn dies nicht möglich sei, das Urteil der theologischen Fakultät akzeptieren und sich ihr unterwerfen. Der vierte Punkt bestätigt, dass der Vorsitz bei den Zusammenkünften der vier Stadtpfarrer nicht immer von demselben – nämlich von Myconius –, sondern abwechselnd von allen ausgeübt werden solle. Im fünften Punkt wird festgehalten, dass alle an den akademischen Disputationen teilnehmen müssten, mit Ausnahme von Myconius, Bertschi, dem Barfüßer (vermutlich Johannes Lüthard) und Burkhart Rothpletz. Der sechste und letzte Punkt besagt ganz allgemein, dass sich alles dem Urteil des Magistrats – mit Zustimmung beider Stadträte – unterwerfen muss. Es ist anzunehmen, dass mit diesem offiziellen Akt das Verhältnis zwischen der Universität und der Basler Geistlichkeit in der seit Sommer/Herbst 1538 vom Regenzausschuss vorgeschlagenen Form endgültig festgelegt wurde. Dass Karlstadt auch diese Sitzung vom 8. Oktober 1539 protokollierte, erklärt sich höchstwahrscheinlich daraus, dass er der einzige Theologe im Regenzausschuss war und daher formal als Vermittler zwischen dem Stadtrat und den anderen Basler Theologen und Predigern fungierte.

Obwohl die neuen Regelungen nicht hart durchgesetzt wurden – Grynaeus lehrte bis zu seinem Tod 1541 ohne jemals einen Doktortitel zu erlangen, und auch die Unterordnung der Geistlichen wurde in der Praxis entschärft –, hatten Myconius und seine Partei offiziell verloren. Die Basler Prediger und Diakone wurden in die theologische Fakultät eingegliedert und damit den Universitätsstatuten und dadurch mittelbar dem Stadtrat unterworfen. Im darauffolgenden Jahr verlieh Karlstadt den, seit der Wiedereröffnung der Universität 1532, ersten Doktorgrad an Wolfgang Wissenburg. Die in der Korrespondenz Myconius' gegen Karlstadt vorgebrachten Anschuldigungen und Tiraden müssen vor dem Hintergrund des daraus entstandenen Ressentiments des Basler Antistes interpretiert werden. Seine Briefe an Bullinger (29. Oktober und um 9. November) und an die Straßburger Theologen (9. November 1539) verdeutlichen seine Verzweiflung. Der Antistes beschreibt die Basler Kirche und die Predigtfreiheit als nahezu zerstört und behauptet, der spöttisch mal als Doktor, mal als Bischof bezeichnete Karlstadt sei von den Feinden des Evangeliums zu diesem Zweck benutzt worden und werde nun von ihnen gegen alle Angriffe und Anschuldigungen verteidigt. Myconius kritisiert auch Karlstadts Predigten, die sich in seinen Augen völlig nutzlosen – geographischen oder kosmographischen – Themen widmeten. Aus Straßburg und Zürich erhielt Myconius in den folgenden Monaten zwar unterstützende und ermutigende Worte, konkret unternahmen die Theologen beider Städte jedoch nichts, um in seinem Sinne zu intervenieren. Ab Herbst 1539 wurde der Kirchenrat aufgehoben und die Unterordnung der Geistlichkeit unter die Universität und damit unter den Stadtrat auch in den Synoden deutlich. In Basel wurde damit die nach der Einführung der Reformation neu zu beantwortende Frage um das Verhältnis zwischen weltlicher und kirchlicher Obrigkeit gelöst, indem der Magistrat nun endgültig direkte Amtsgewalt über die Kirche ausübte. Myconius zeigte sich später, in einem Brief vom 15. Februar 1542, tief von jenen beunruhigt, die sagten, Kilchen ist uff dem radthus. Wenn man die Sichtweise von Myconius einnimmt, ist es leicht, Karlstadt als einen der Befürworter – wenn nicht sogar als den Hauptbefürworter – der Unterordnung der Geistlichkeit unter den Stadtrat zu sehen. Angesichts mangelnder eindeutiger Quellen scheint es jedoch angebracht, die Frage offen zu lassen, ob und inwieweit sein Beitrag als Mitglied des Regenzausschusses in den Jahren 1538/39 entscheidend war. Er sollte auf jeden Fall vor dem Hintergrund eines 1532 eingeleiteten, langwierigen und facettenreichen – und im großen Teil noch zu erforschenden – Prozesses zur Neuorganisation der Basler Kirche und Universität interpretiert werden.