Die Einführung der Reformation in Basel am 1. April 1529 markierte auch eine Zäsur in der Geschichte der Universität. Studenten und Professoren – darunter auch Erasmus von Rotterdam – zogen nach Freiburg, der Lehrbetrieb wurde fast komplett eingestellt, der Versuch von Oekolampad, die Hochschule neu zu organisieren, wurde durch seinen Tod im November 1531 unterbrochen. Erst am 12. September 1532 wurden neue Statuten erlassen und die Vorlesungen wieder regulär aufgenommen. Das Verhältnis zwischen der neu eröffneten Universität, die nach der Wiedergewinnung der nach der Einführung der Reformation verlorenen Freiheiten strebte, und dem Stadtrat, der die Kontrolle über die Universität und damit auch über die Basler Prediger behalten wollte, blieb jedoch in den darauffolgenden Jahren Gegenstand von Verhandlungen. Der Streit um die Doktorgrade, der im Januar 1535 ausbrach, gehört zu diesen Auseinandersetzungen. Vor diesem Hintergrund entstanden die hier edierten Thesen Karlstadts.

Am 31. Dezember 1534 hatte der Basler Stadtrat einen Beschluss erlassen, der heute verschollen ist und dessen Inhalt nicht eindeutig rekonstruiert werden kann. Er betraf die Doktorgrade. Der Beschluss forderte darüber hinaus Karlstadt dazu auf, eine Thesenreihe zu verfassen und öffentlich zu disputieren, wie er am folgenden Tag Bucer berichtete. Als Karlstadt am 11. Januar an Bullinger schrieb, schickte er ihm eine Kopie der hier edierten Thesen, deren Abfassung also in die ersten zehn Tage des Jahres 1535 datiert werden muss. Die Disputation fand zwischen dem 11. Januar und dem 5. März 1535 statt. Dass Karlstadt, der bereits den Doktortitel besaß, sich bereit erklärte, eine Disputation abzuhalten, um offiziell in die theologische Fakultät aufgenommen zu werden, dürfte eine besondere symbolische Bedeutung gehabt haben und erschien seinen Kollegen – allen voran Myconius – als positive Stellungnahme gegenüber den vom Stadtrat angestrebten Reformen.

Was Karlstadt mit den hier edierten Thesen beabsichtigte, erklärt er in der Vorrede anhand einer Metapher. So wie ein Bauer, der zwar seine Arbeit gut kennt, ohne Erfahrung aber nicht in der Lage ist, den Boden gut zu bereiten und gewinnbringend zu säen, so wird es auch in der Redekunst unmöglich sein, ohne angemessene Übung die mit Lügen und Betrug gut bewaffneten Gegner zu überwinden. Deshalb habe der Stadtrat beschlossen, dass künftig niemand lehren dürfe, ohne dass er zuvor öffentlich in den Schulen seine Fähigkeiten unter Beweis gestellt habe. Auch Karlstadt – der den Lehrstuhl von dem nach Tübingen wechselnden Paul Phrygio übernehmen sollte – müsse eine Thesenreihe ihm zugewiesener Themen disputieren, um in die theologische Fakultät angenommen zu werden. Er halte es für gerecht, einer solchen lobenswerten Aufforderung nachzukommen, und habe daher unter verschiedenen Begriffen Themen zusammengestellt, die er zur gemeinsamen Diskussion anbieten wollte.

Die hier edierten Thesen stellen eine Art Dogmatik in Kleinform dar und sind nach der Loci-Methode in sechs Blöcke mit systematischem Aufbau gegliedert. Der erste Block mit 29 Thesen ist Gott gewidmet. Er sei das Hauptthema der theologischen Untersuchung; Gott ist ewig und unendlich, ein Licht ohne Finsternis, überall gegenwärtig (Th. 1–3). Man kann ihn im Glauben, in der Liebe, in der Furcht und im Vertrauen begreifen und ihn nach seinem Wesen ehren; er regiert und herrscht über alles (Th. 4–8). Seine unendliche Barmherzigkeit ist unzweifelhaft (Th. 9–11). Diese Gewissheit kann jedoch ins Wanken geraten, wenn man leidet (Th. 12); während die wahren Gläubigen auch in solchem Fall weiter flehen und vertrauen, verfallen die Gottlosen in Verzweiflung und Verachtung (Th. 14). Gott spricht, um Zweifel und Ängste zu zerstreuen, aber seine Stimme wird nicht immer gehört, manchmal wird er wie in einem Spiegel oder Rätsel gesehen – das war auch der Fall bei Mose, der Gott jedoch besonders im Tetragramm betrachtete (Th. 15–23). Gott allein jedoch entscheidet, wie und wem er sich offenbart (Th. 24f.). Insbesondere aber offenbart er sich den Gläubigen durch Christus (Th. 26–29).

Dies leitet über zu der zweiten Gruppe von Thesen (Th. 30–59), die Christus gewidmet sind. Zunächst wird die Doppelnatur – göttlich und menschlich – thematisiert und deren Eigenschaften beschrieben (Th. 30–34). Christus ist der heiligste Priester, der sich selbst als Opfer für die Sünden der Menschheit darbrachte (Th. 35–39). Nur durch das Leiden und das Kreuz konnte Christus ein Opfer vollbringen, das sich von den alttestamentlichen Opfern des Mose unterscheidet; nur Christus kann durch den ewigen Geist die Gewissen weiterhin reinigen und beruhigen (Th. 40–48). Mit seinem höchsten Opfer eröffnete Christus das Reich, trieb den Satan aus und versammelte sein Volk, nachdem er es von der Sünde gereinigt hatte; aus dem wahren (geistlichen) Tabernakel Gottes unterstützt er weiterhin die Gläubigen mit seiner Kraft, erneuert sie, wie es niemand sonst – nicht einmal die Engel und Heiligen, die sich auch das Heil der Menschen wünschen – tun könnte (Th. 49–55). In den letzten Thesen dieses Blocks sind Christologie und Abendmahlslehre zusammengeführt: Christus spendete sein leibliches Opfer einmalig am Kreuz und besprengte die Gläubigen mit dem Geist, der allein die Vereinigung mit Christus ermöglicht (Th. 56–58). Die letzte These (Th. 59) weicht von der systematischen Behandlung theologischer Themen ab, um die syllogistische Struktur von Joh 6,54 zu thematisieren.

Der nächste Thesenblock ist dem menschlichen Wesen gewidmet, das nach dem Bild Gottes geschaffen wurde (Th. 60). Dieses Bild ist durch die Sünde verdorben, aber nicht völlig ausgelöscht worden, wie eine Flamme, die bedeckt ist, dennoch hervorbrechen will und den Menschen noch zur Gerechtigkeit antreiben kann (Th. 61–65). Mit Bezug auf Röm 2,15 scheint diese imago Dei dem Gesetz zu entsprechen, das in die Herzen aller Menschen eingeschrieben ist; ferner sind in diesem inneren Gesetz alle Werke des Gesetzes eingeschrieben (Th. 66f.). Daraus entspringt das gesamte Recht und Gesetz: aus der imago Dei entspringe nicht nur die goldene Regel in Mt 7,12, die das Naturrecht zusammenfasst, sondern auch alle menschlichen und sozialen Regelungen, so dass, wäre die Gottebenbildlichkeit wiederhergestellt, alle Auseinandersetzungen und Spaltungen unter den Menschen aufhörten (Th. 68–70). Durch die Wiederherstellung der imago dei nach der imago Christi – da Christus in ihr wohnt und regiert – konnte eine renovatio bzw. regeneratio eingeleitet werden (Th. 71f.). Auch der geistlich wiedergeborene Mensch sei dennoch nicht von seiner postlapsarischen Natur befreit; er bleibe im Leib der Sünde unterworfen, also unfähig, dem Geist zu folgen, nur allmählich geheiligt und daher bis zum Jüngsten Tag im inneren Krieg (Th. 73–81).

Die darauffolgenden Thesen diskutieren die Sünde, deren Urheber Satan ist (Th. 82–86). Mit 1. Joh 3,4 konfiguriert sie sich als Gesetzlosigkeit (Th. 87) oder wird mit Paulus (Röm 3,20; 7,7) in nomistischem Sinn als Widerstand gegen das Gesetz definiert (Th. 88–93). Man muss jedoch nicht den Buchstaben des Gesetzes befolgen – deshalb binden Speise- und Beschneidungsvorschriften das Gewissen nicht –, sondern dessen Geist bzw. Wille (Th. 94–98).

Diese Überlegungen über die Sünde leiten im nächsten Thesenblock ins Thema Gesetz ein. Das Gesetz entspricht dem ewigen Sinn und Willen Gottes (Th. 99). Aus dieser göttlichen Quelle stammen alle Gesetze – die natürlichen, göttlichen und zeremoniellen – und sind in ihr enthalten; das Gesetz offenbart den göttlichen Willen, der nicht nur alle Dinge regiert, sondern auch zum ewigen Leben einlädt und das Gute vom Bösen unterscheidet (Th. 100–111). Dieses heilige, gute, gerechte und geistige Gesetz (Th. 112) wirkt unterschiedlich. Im fleischlichen Menschen erweckt es noch mehr Sünden und Zorn, es wirkt dagegen unterstützend im Wiedergeborenen (Th. 113–116). In den darauffolgenden Thesen sind folglich die Stufen der Rechtfertigung dargestellt. Eine erste Rechtfertigung erfolgt durch das Hören und Verstehen des göttlichen Gesetzes, man ist somit dem Tod entrissen, mit dem Vater versöhnt und in das Leben eingeführt (Th. 117–119). Die zweite Rechtfertigung besteht in der Erfüllung des Gesetzes mit Werken der Gerechtigkeit (Th. 120–123). Beide Rechtfertigungen sind eng miteinander verbunden und untrennbar; ohne die zweite Rechtfertigung ist die erste vergeblich, und zugleich muss ein gerechtes Werk von einem guten Baum stammen und ein Abbild des göttlichen Gesetzes sein; unter diesen Voraussetzungen rechtfertigt das Werk den Menschen (als Folge der ersten Rechtfertigung), auch wenn es als solches (also ohne die erste Rechtfertigung) nichts nützt (Th. 124–127). Das Gesetz, das diesen Rechtfertigungsprozess leitet, ist das Gesetz des Geistes und des Lebens – d.h. das göttliche Gesetz – und nicht das geschriebene, äußere Gesetz. Von diesem letzten seien die Menschen durch das geistliche Gesetz befreit, um die wahren Werke der Gerechtigkeit zu verwirklichen (Th. 128–133).

Ein abschließender Thesenblock befasst sich mit einem disparaten Bündel von Argumenten (Th. 134–151). Akademische Grade – worüber in Basel in jenen Wochen ein Streit entflammt war – sind als solche kein Übel (Th. 134), ebenso wie Reichtum und Ehrungen (Th. 135). Einzelne Aspekte (Tier- oder Ortsnamen, z.B. in Th. 139–142 oder 148f.) oder Gebräuche aus den alttestamentlichen Büchern (z.B. die Einsetzung von Richtern durch Mose in Th. 145f.) werden thematisiert; damit soll die Breite der Kenntnisse, u.a. in Geographie, Geschichte, Botanik, Zoologie, Mathematik (Th. 136–138), verdeutlicht werden, die ein Forscher der Heiligen Schrift besitzen soll. Viele der Thesen in diesem Block – z.B. Th. 151 zu dem Armenzehnten – beruhen auf Bibelstellen aus 5. Mose. Über dieses Buch hielt Karlstadt seit seiner Ankunft in Basel im Sommer/Herbst 1534 eine Vorlesung. Dass die Thesen 147–149 und 151 aus 5. Mose 14 entnommen sind, lässt vermuten, dass die Vorlesung im Januar 1535 bei Kapitel 14 angelangt war.