In dem hier edierten, auf den 1. Januar 1535 datierten Brief an Bucer spricht Karlstadt zwei Punkte an. Im ersten Teil reagiert er auf nicht näher bezeichnete Äußerungen des Straßburger Theologen, der ihm vermutlich vorgeworfen hatte, von der gemeinsamen Lehre abzuweichen und sogar seine Bemühungen um eine Konkordie durch neue Schriften gegen Luther zu gefährden, wie eine Randbemerkung im Brief nahelegt. Karlstadt versichert jedoch, er teile Bucers Ansichten und wolle deshalb einen Brief an Berchtold Haller schreiben. Offensichtlich beabsichtigte Karlstadt, die Berner Theologen – die sich geweigert hatten, die von Bullinger und den Zürchern verfasste Abendmahlserklärung zur Einigung mit den Lutheranern zu unterzeichnen – von der Richtigkeit der Bemühungen Bucers zu überzeugen. Karlstadt erklärt daraufhin, er habe beschlossen, den Brief an Haller nicht abzuschicken und stattdessen ein persönliches Treffen abzuwarten, obwohl er Zweifel an Kaspar [Megander?] hege – möglicherweise ein Hinweis auf seinen Verdacht, dass dieser, ein überzeugter Zwinglianer, die Einigung mit den Theologen in Bern erschwerte.

Im zweiten Teil des Briefes gesteht Karlstadt, er habe nicht gewusst, wie er den jüngst in Basel entstandenen Streit schlichten könne. Einerseits bekräftigt er seine Wertschätzung für Myconius. Andererseits könne Karlstadt nicht erkennen, wie er sich der Aufforderung des Stadtrats entziehen und sich weigern könne, die vom Rat verlangte Disputation zu führen. Es kursierten so viele absurde Meinungen, dass solche scholasticae disputationes nützlich sein könnten. Karlstadt ist jedoch unsicher, was er tun soll, und bittet Bucer um Rat, ob er den eingeschlagenen Weg weiterverfolgen soll. Er erklärt abschließend, er wolle darauf drängen, dass sich die Basler an den in Straßburg geforderten Regelungen über die Eidesformeln der Theologen und ähnliche Dinge orientierten.

Während der erste Teil des Briefes an die langen und schwierigen Verhandlungen erinnert, die im Herbst 1534 als Reaktion auf die Württemberger Konkordie zwischen den verschiedenen Schweizer Kirchen darüber geführt wurden, ob sie ein neues gemeinsames Abendmahlsbekenntnis verfassen und unterzeichnen sollten, um eine Kompromissformel mit den Lutheranern zu finden, stellt der zweite Teil des Briefes den Beginn einer Auseinandersetzung dar, die Karlstadt und Myconius schließlich zu erbitterten Gegnern machen sollte. Die Korrespondenz des Myconius bietet genauere Hinweise auf den historischen Kontext, auf den sich Karlstadt in seinem Brief bezieht. In einem Schreiben an Bullinger vom 10. Januar 1535 berichtet Myconius, dass in Basel eine Diskussion darüber entbrannt sei, ob an der Universität theologische Doktorgrade wiedereingeführt werden sollten, und erwähnt einen Beschluss des Stadtrates vom 31. Dezember hierzu. Auf diesen Beschluss bezieht sich Karlstadt vermutlich in dem hier edierten Brief, wenn er erklärt, er fühle sich verpflichtet, das zu tun, was die Obrigkeit ihm auferlegt habe. Myconius teilt Bullinger in demselben Schreiben mit, dass seine am 3. Januar 1535 gegen die Tyrannei der Pariser Theologen gehaltene Predigt als Ablehnung der Universität und aller akademischen Grade, also als Missachtung des Ratsbeschlusses, interpretiert worden sei. Er beteuert, nie eine solche These vertreten zu haben, doch als der Stadtrat ihn – zum ersten Mal überhaupt – vorlud, habe er so stark gegen den theologischen Doktorgrad argumentiert, dass die Frage an die anderen Professoren und Gelehrten der Universität weitergereicht worden sei. Schließlich bittet Myconius Bullinger und andere Zürcher Theologen um Beratung zu seiner Entscheidung, seinem vom Geist durch die Kirche verliehenen Amt keinen pompösen Ehrentitel hinzufügen zu wollen. Zudem kündigt er einen bevorstehenden Besuch Capitos in Basel an, um die Angelegenheit zu besprechen.

Es ist nicht bekannt, ob die von Myconius erwähnte Einschaltung Capitos mit der von Karlstadt in dem hier edierten Brief an Bucer formulierten Anregung im Zusammenhang stand, sich am Straßburger Modell zu orientieren. Aus der späteren Korrespondenz des Myconius geht jedoch hervor, dass er am 19. Januar in Basel mit Capito gesprochen hatte und ihm klar geworden war, dass der Straßburger Theologe den Stadtrat überzeugen konnte, dass nichts Schlechtes an den Doktorgraden sei; Myconius wäre dann gezwungen gewesen, dies zu akzeptieren oder sein Amt aufzugeben. Capito habe dem Stadtrat sogar eine schriftliche Stellungnahme zu diesem Thema vorgelegt, ohne die Basler Prediger darüber zu informieren. Die Diskussion um die akademischen Grade wurde in den folgenden Wochen auch in Myconius' Briefwechsel mit Bullinger immer wieder thematisiert; selbst Theodor Bibliander, der in der ersten Februarhälfte in Basel weilte, berichtete von ähnlichen Sorgen wie Myconius. Der Basler Antistes erhielt in den darauffolgenden Wochen zunehmend Unterstützung aus Zürich.

Im Einzelnen lässt sich dieser erste Basler Streit zu den akademischen Graden auch deshalb nicht mehr rekonstruieren, weil wichtige Dokumente – wie der Stadtratsbeschluss vom 31. Dezember – verschollen sind. Man kann nur vermuten, dass Karlstadt zu einer öffentlichen Disputation aufgefordert wurde, um endgültig in die theologische Fakultät aufgenommen zu werden. Vermutlich war es schon im Januar 1535 beschlossene Sache, dass er einige Monate später offiziell mit dem Lehrstuhl für Altes Testament von Paul Phrygio, der Grynaeus in Tübingen ersetzte, betraut werden sollte. Damit stellte Karlstadt – der anders als Myconius, aber wie Phrygio den Doktortitel bereits besaß – einen Präzedenzfall bei der Einführung der vom Stadtrat gewünschten Neuaufstellung der Universität dar: Diese sah vor, dass man nur mit den erforderlichen akademischen Graden und nach öffentlichem Beweis der eigenen Fähigkeiten in den Schulen lehren dürfe. Trotz des anfänglichen Zögerns, das aus dem hier behandelten Brief vom 1. Januar 1535 hervorgeht, verfasste Karlstadt in den folgenden Tagen tatsächlich eine Thesenreihe für die Disputation, zu der er aufgefordert worden war (), und rechtfertigte seine Entscheidung gegenüber Bullinger kurz danach ().