Martin Luther an Justus Jonas, Wittenberg, 1529, 15. Mai[?]: Carlstadius in Frisia laetus et triumphans diu consedit. Vocavit literis binis gloriosis et gratulatoriis uxorem ad se.

Etwa drei Tage nach der Flensburger Disputation am 8. April 1529 floh Karlstadt zusammen mit Melchior Hoffman aus Holstein und wandte sich nach Ostfriesland. Während Hoffmann von dort aus mit dem Manuskript des wahrscheinlich gemeinsam verfassten Dialogus über die Flensburger Disputation () weiterreiste und im Juni 1529 in Straßburg eintraf, verblieb Karlstadt in Ostfriesland, wo er fortan zunächst zeitweise als Bauer und Wanderprediger verdingte, bis er schließlich Aufnahme bei Ulrich von Dornum in Oldersum bei Emden fand. Dieser hatte 1523 als Kanzler Graf Edzards I. (1462–1528), die Reformation in Ostfriesland mit eingeführt.

Karlstadts Aufnahme in Ostfriesland wurde recht bald auch in Wittenberg wahrgenommen: Bereits am 14. April kursierten dort erste Gerüchte, Karlstadt sei aus Holstein geflohen ( aufugisse ); im Mai 1529 schließlich berichtete Luther an Justus Jonas, Karlstadt habe sich in Ostfriesland niedergelassen und brachte seine Sorge bezüglich dieser Entwicklung zum Ausdruck. Im selben Brief berichtet Luther, Karlstadt habe seine Frau Anna von Mochau, die mit den gemeinsamen Kindern bei seinem Weggang zu Beginn des Jahres in Sachsen zurückgeblieben war, in zwei Briefen aufgefordert, ihm nach Ostfriesland zu folgen. Möglicherweise glaubte er zu diesem Zeitpunkt, sich dort dauerhaft mit seiner Familie niederlassen zu können. Statt dem Wunsch ihres Mannes nachzukommen, scheint sich Anna jedoch zunächst an Luther gewandt und ihn um Fürsprache beim Kurfürsten für die Rückkehr ihres Mannes nach Sachsen gebeten zu haben. Ob sie dies aus eigenem Antrieb oder auf Bitten Karlstadts tat, ist nicht bekannt. In Wittenberg zumindest löste das neuerliche Ansuchen um Aufnahme Karlstadts in Sachsen gemischte Gefühle aus – in einem Brief an Amsdorf vom 10. Juli 1529 attestierte Luther Karlstadt zwar mangelnde Demut bei seinem Anliegen; das Schicksal Annas und ihrer Kinder ließ ihn aber wohl trotz allen Misstrauens gegenüber seinem Rivalen mit einer klaren Ablehnung zögern. Am 18. Juli 1529 entschied sich Luther schließlich, den kurfürstlichen Kanzler Christian Beyer um eine Antwort auf das Gesuch Annas zu bitten, wenngleich er sich keine Hoffnungen auf einen Erfolg machte und eine Rückkehr Karlstadts nach Sachsen auch nicht befürwortete. Eine Antwort auf diese Bitte ist nicht überliefert, ebenso wenig gibt es Nachrichten über eine Antwort Luthers an Anna von Mochau oder Karlstadt – es ist jedoch davon auszugehen, dass diese, so sie abgefasst und versandt wurden, ablehnend ausfielen. Anna verblieb zunächst in Sachsen und traf erst im Frühjahr des Folgejahres in Straßburg wieder mit ihrem Mann zusammen. Dieser hatte Ostfriesland vermutlich im Januar 1530 aufgrund der Kirchenpolitik Ennos II. und dem Erlass einer lutherisch geprägten Kirchenordnung, in deren Gefolge es zur Amtsenthebung verschiedener Prediger – unter ihnen der Oekolampad verbundene Hinne Rode – kam, verlassen und sich Richtung Straßburg gewandt. Bereits seit Mitte des Jahres war es von Seiten der lutherischen Nachbarn zu Kritik an der Verbreitung der zwinglianischen Abendmahlslehre, täuferischen Strömungen, aber auch an Karlstadts Aufenthalt in Ostfriesland gekommen.